簡単に書きます。NetBeans 7.4 でCakePHP 2.x のプロジェクトを作成した場合プロジェクトツリーの表示名が小文字になる場合があります。（おそらくWindowsとMac環境で発生します。）具体的にはapp/Configとapp/Consoleです。これは、Synfony2とNette2の機能の影響を受けているようなので、もしこの問題を避けたければ、これらの機能を無効化してみてください。なお、NetBeans 8.0で修正されるかもしれません。

参考： https://netbeans.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=238679