NetBeansはプロジェクトにはエンコーディングを指定できるのですが、ファイルごとには指定するオプションがありません。 指定したエンコーディングでファイルを開くプラグインが（おそらく結構前から）ありますが、プラグインポータルには登録されず、NetBeansのbugzilla内にひっそりとファイルが添付されているだけです。
わかりにくいのでオリジナルのコードをクローンして、ソースコードをgithub上にアップしました。
参考
NetBeans Encoding Plugin
- https://github.com/junichi11/netbeans-encoding-plugin (ソースコード)
- https://github.com/junichi11/netbeans-encoding-plugin/releases (NBM)
使い方
使い方は参考のリンクの通りです。
オリジナルのものに追加した機能は、エンコーディングの表示です。ツールバーに現在のファイルのエンコーディングが表示されます。
リストから特定のエンコーディングを選択すると、一度ファイルを閉じて指定されたエンコーディングでファイルを再び開きます。
もしツールバーを表示したくなければ、表示 > ツールバー > Encodingのチェックを外してください。
補足
ファイルのプロパティにエンコーディングを設定できるようにパッチを書いて送っている人もいましたが、それはマージされていないようです。
プラグインポータルへも後で登録しようかと思います。
バグ等があれば、githubやtwitterへ投げていただければ出来る限り対応します。
追記
既存のものを修正・改善した方がいいよーと言われたので、そのように変更する可能性があります。つまりは、その場合github上のものは削除する可能性があります。