ファイルの最後に改行がなければ、保存時に追加するプラグインをつくりました。 （既存のプラグインがあるのですが、テストが動かなかったり、Windowsに対応してなかったり、無効にするオプションがなかったりします。）
リポジトリ
ダウンロード
使い方
上記からnbmをダウンロードして、インストールし、エディタで変更を保存するだけです。
オプション
無効にしたい場合は、ツール > オプション > その他 > No Newline Resolver の Enabledのチェックを外します。
不具合等がありましたら、issue登録をお願いします。