NetBeansではデフォルトでファイル単位でエンコーディングを指定して開いたり保存したりすることはできません。プロジェクト単位で使用するエンコーディングを設定することはできます。プラグインで対応できるようなので紹介します。

ダウンロード＆インストール

下記のページの添付ファイルをダウンロードしてNetBeansにインストールして下さい。（Attachmentsのところです）

• http://netbeans.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=114123
  

追記

改良したものをGitHubとPlugin Portalで公開しています。

• https://github.com/junichi11/netbeans-encoding-plugin/releases
• http://plugins.netbeans.org/plugin/60487/encoding-support

使い方

ファイルメニューから操作します。

エンコーディングを指定して保存

ファイル > Save In Encoding

エンコーディングを指定して開く

ファイル > Open In Encoding

指定したエンコーディングが正しくない場合は警告がでます。

プラグインポータルには登録されてないので、直接上記のリンク先からダウンロードして下さい。

確認したのは、NetBeans7.3 RC1ですが、おそらく他のバージョンでも動くと思います。